O Centro Educacional Missão de São Pedro foi fundado em 1967 visando à época atender as necessidades educacionais dos filhos de militares que se instalavam na Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia e proporcionar aos jovens da cidade uma nova oportunidade.
O Centro Educacional Missão de São Pedro tem como entidade mantenedora a Missão de São Pedro, estando autorizado a funcionar através do Reconhecimento nº 7877 da Divisão de Apoio Técnico, fundamentada no Art. 2º da Resolução nº 1288 / SEE / 86 e considerado nos termos do Parecer nº 560 / CDERJ / 86, exarado no Processo de nº E-03/1999972/86, em 10 de julho de 1987.